俺も最近0.10.3から最新版に変更したけど、GUIのactivitylogにCLI入力用コマンドが表示されなくなったから、そのままコピペして自動化できないんだね。

json形式をそのままCLIに突っ込めれば楽なんだけど、諦めて先人の方法でhelp見ながら手修正した。

結局それでもエンコードが途中で止まるようになってしまって困ってたんだけど、HD Graphicsのドライバーを最新にしたら解決した。QSV使ってる人は気をつけた方がいいと思う。