一応、昔はSEをしていたことがあり、問題などの切り分けを分かる範囲で行いました。

・旧Core2Quad機やXeon W3540などで再生する限り当事象は発生しない
・CPU利用率やビデオカードには余裕がある
・ブラウザーなどのハードウェア再生支援機能をオフにしても改善なし
・再生用アプリのハードウェア再生支援機能をオン、オフしても改善なし
・コーデックをLAV Filters,FFDShow,MS純正など変更しても改善なし
・ビデオカードのドライバーを全て削除、最新に入れ替えても改善なし
・ディスプレイのリフレッシュレートを手動で59.94などとしても改善なし
・解像度の異なる2種類のディスプレイに切り替えても改善なし

と言ったところで、正月早々お手上げな感じとなっています。
上記以外にも、代替機は存在するので、問題なく再生できる機器を再生専用機とすることも不可能ではないのですが、SPDIF付きの機器が限られており、ビデオカードの入れ替えという手もありますが、悩んでいます。

何か他にやっていない事、試すべきこと、確認すべきことなどがあればアドバイスをお願いします。