純正Bonの方で試したこと無いから本当にできるか知らんけど
DeviceIDとTunerFrendlyNameで各チューナーを特定してるから、レジストリエディタ使って
2枚目側のPXQ3PE4 Multi Tuner ISDB-x BDA Filter #0の数字を1枚目と2枚目とで変えてやる
1枚目が#0と#1の組み合わせなら、2枚目の方を#5と#6にするとか
これでダメならDeviceIDがどこ見てるのか頑張って調べてカード毎に記述するしかないかな?
一番手っ取り早いのはたぶんradi-sh凡使うこと

そもそも2枚挿しでまともに録画できるのかと言う気はするけどがんばれ