Windows は ドライバで挙動が全然違う
ACSからACR39-NTTComのドライバをダウンロードしてRelease.txt読むと、
ドライバに細工して計測精度下がりそうな修正がある
https://www.acs.com.hk/download-driver-unified/8744/ACS-Unified-Driver-Win-4250.zip

Changes:
- Added and adjusted transmit delay for T=1 cards. Affected readers for this fix are the following:
*ACSCCID PID_90CC
*ACR39U PID_B100
*ACR3801 PID_90D8
*ACR3901 PID_B000

Identiv CLOUD シリーズや SCM3310もここ１〜2年のドライバで計測精度でない様な気がする
NTTComが横槍を入れてるのかもしれない

Linuxの USB CCIDドライバは精度下がるような処理入ってないので、Linux で計測しましょう