書いた後でわかったが
その問題っぽいものが既にフォーラムに問題を投稿されていて解決されていた
https://www.vegascreativesoftware.info/us/forum/audi-out-of-sync-when-clips-are-imported--111769/

解決策：so4compoundplugを無効化する
設定方法は上記のURLのリンク参照