VegasProに限った話ではなく他のソフトでもその問題があるようだね
GoPro側の問題？？

"サンプルが無い"ので確認しようがないが
別な無料ソフトAvidemuxで結合するとうまくいくような情報があるので
Avidemuxを使って結合してからVegasProで編集するようにしてみるといいかも