以前商品の交換で在庫の確認してもらった時にアマゾン楽天公式は別で在庫管理してるって言ってたよ
(まだYahooできる前なのでだいぶ前の話ですまん)
ついでに店舗分は管理自体がが別会社なので在庫があっても交換不能だった

今も在庫共有していたらアマゾンだけでなくなることもあるから共有はしてないと思う