自分はその発言は把握していないので完全に鵜呑みにさせてもらいますが、ぱっと見の感想として「それ本当？」と思いました。おかしな点がいくつかあるので。
以下箇条書きにしますね。

①個別の事案に対してYouTube側がそこまで踏み込んだ返答をするのかという疑問
→私もYouTuberですから何度かやり取りをしたことがありますが「もう盤面有りでも…」等の返答をYouTube側がするとは思えません。おそらくかなりの部分でもりけんさんの主観というかバイアスがかかっているのかなと思います。

②クレームが来てもYouTubeが対応しないなら先日の王将戦(藤井永瀬戦)のアーカイブを非公開にする理由がない
→もりけんさんの立場になってみて王将戦のアーカイブを非公開にする唯一の理由ってのは通報されないようにするって事なんですよ。だってアーカイブを公開すれば少しでも広告収入がありますから。それをしないってことは何かしらの理由があって、それはクレームないし通報を恐れているのかなと思っています。事実として王将戦以外のアーカイブは残していますし。

③「どうでもいい権利侵害」ではないはず
→YouTube経由で権利侵害の通報を行う際は、通報者の氏名と所属している団体名を書き記す必要があります。これはどういうことかというとYouTube側からしたら(おそらく)毎日新聞の担当者さん本人からの通報だという事を認知しているんですね。つまり例えば私みたいな第三者が通報したのとは訳が違うわけです。そういう意味で「どうでもいい権利侵害」ではないはずですし、そのような言葉をもりけんさん本人が言ったのであれば、①にも書きましたがかなりの部分でもりけんさんの主観によるデフォルメがかかっているのかなと思います。

以上かなり長くなりましたが私が疑問に感じた点を挙げてみました。これ以外にも細かい点(「アユムも含めて全て消す」→アユムさんの動画は王将戦から許可を得ており当該動画に権利侵害の通報が行われたことはないはず。そもそも棋譜利用がダメなのではなく“無断での”棋譜利用がダメなのであって、アユムさんの話を持ち出している時点で全く論理的ではない等)はありますがそれを挙げだすとキリがないのでここら辺で終わります。
また何かありましたらご質問よろしくお願いします。私でよければいくらでもお答えします。