ネット応募初心者に知恵をおさずけ下さい

一太郎でコバ短の原稿書いてるんだけど、書き終わってテキストファイルにした時、ところどころ段落最初の一字下げができてない事があるんだよね
元の原稿(一太郎)では出来てるんだけど

これはテキストファイルに直接修正加えた方がいいの?それとも仕様の問題だからそのままにしておいた方がいい?