WEB版を残すメリットってのは
・更新によって既存読者に忘れられない
・WEB版読者の好感度UP
・新規読者を獲得しやすい
の3点だろうけど、累計ランキングに載らないような中堅作品って旬が過ぎればポイント変動がほぼなくなるから新規読者はあまり期待できない
既存読者の引き止めが目的なら更新さえ継続すれば、かつてのアルファのような書籍化部ダイジェストは支障にならない
2番目が売上に絡むかは微妙

ダイジェストが許されない今日では、アニメ化前提書籍化でもない限り削除は悪手だと思うよ