会社側へはこっちが下手打たない限りは調べようがないのでバレないよ
いや、そりゃ調べるの意味が広範囲なら何でもありだけどさ
仮に何らかの理由でバレたとしてもそれがイコールでペンネームや屋号のバレに繋がるわけでもない

後、公務員は副業禁止という規定があるしそれは法で定められているものだけど、一般の会社が厳密な意味、つまり公務員と同等レベルの副業禁止を強いるのは例え同意を得ようと違法だよ
そして作家業が禁止の職業なんてまずない
もちろん、書く内容が守秘義務を破るようなものなら駄目だけどそれはまた別の話