>>563
>>564
(´・ω・`)　思いついたので補足

たとえば、分かりやすい構成の具体的な代替案としては

・序盤、さらわれた妹を取り戻すため、異能者の学園へ通う
・中盤、世界の危機の設定が明らかになる
・終盤、世界をめぐって妹と対決する

とくに序盤で、妹と学園の関連性が分かりやすくなりますし
妹を殺すより取り戻す方が、主人公に共感しやすくなります
もちろん、あくまで一例でしかないですが、参考までに