分割です

＞たとえば、分かりやすい構成の具体的な代替案としては

＞・序盤、さらわれた妹を取り戻すため、異能者の学園へ通う
＞・中盤、世界の危機の設定が明らかになる
＞・終盤、世界をめぐって妹と対決する

＞とくに序盤で、妹と学園の関連性が分かりやすくなりますし
＞妹を殺すより取り戻す方が、主人公に共感しやすくなります
＞もちろん、あくまで一例でしかないですが、参考までに

ほんっと申し訳ないです
拙作では、
主人公が妹を殺したのか、取り戻そうとしたのかわからないように序盤は描いた
つもりでした
また、学園と妹には関係はまったくありません
時系列的には
・ヒロインたちが世界を守った戦いがあった
・ヒロインたちは戦いの結末で精神的な傷を負い、世界を滅ぼす可能性が生まれた
・先生はその状況を知っていたので保護する学校を作った
・世界はこのままだと世界が滅びる確率ほぼ１００％だと判断し、滅びないために神様を選んだ
・神様の兄である主人公は世界の判断を否定し、自分が世界を守るから妹を取り返すと誓った
・先生は超能力者に主人公の存在を教えられて、主人公の前に現れた
・本編スタート
って感じです
伝えきれる文章でないのに面倒な話で申し訳ないです