設定ひねろうとして迷走してる印象しかない
というかそもそも三学期って年越した1〜3月の事だろ？
「特例で入れたけど三学期真っ只中」からの「9月に世界標準の入学式」なら
3学期制なら夏休み明けまだ2学期頭で、2学期制なら前期末の秋休み前

それに出席日数一般的には3分の1欠席すると留年、専門性が高い・ルール厳しい学校だとだと4分の1や5分の1でもアウトらしい
また普通に一般教科の授業もあるからそっちでの理解度・実力（定期テスト）問題もある
一般高校相当の授業＋IS学習・実技の時点で出席日数や成績・理解度が重要視されるのは想像に難くない

「特例で入れたけど三学期真っ只中」とか「9月に世界標準の入学式」だと海外組はいいとして
一般組の日本生徒はその間の5ヶ月どうするのか…元々「転校」とか「留学」の海外組の事情に合わせようってのが間違いだろ