ナノマシンで分子をエネルギーの高いものと低いもので選り分けることによってエネルギーを得ている可能性があってもいいと思います。

……マクスウェルの悪魔は完全否定されたっけ？

まあSF的にスゴいエネルギーで動いてますでも良いじゃない。
個人的のスゴかったのは徳を積むことによってエネルギー得られるシステムかな。
そのせいでエネルギー過多で世界崩壊したあとが舞台だけど。
無尽蔵エネルギーっていいよね夢があって。