宇宙空母ブルーノア

1999年7月、外宇宙から飛来したゴドム人工惑星の突然の地球周回軌道上への停止による天変地異と、ゴドム人の侵攻によって、地球は占領され人類は総人口の9割を失った。
生き残った者達は地球救出組織「マルス」を結成。世界の9箇所に抵抗拠点「ポイント」を置く。

日本・小笠原の海洋開発研究センター（ポイントN1）で密かに建造されていた戦略空母「ブルーノア」は、人類の危機に当たり完成率9割の状態で進水。
ゴドムが太平洋各地に建設した基地を破壊し、ゴドムから地球を解放するために出撃する。

その途上、大西洋・バミューダ沖海底の原子物理学研究センター・ポイントN9が無事である事が判明。
そこで建造中の反重力エンジンを装備して、宇宙空母となって軌道上の人工惑星ゴドムを撃退するべく、ブルーノアはポイントN9を目指す。

主人公・日下真は、廃墟で知り合った少女・土門慶（ケイ）や、友人の和泉洋らとともに、ゴドムの攻撃で壊滅した首都を脱出し、ポイントN1に辿り着く。
密かにブルーノア建造に参加していた真の父が死ぬ間際に「そこに地球の未来がある」と言い残した。
進水のきっかけ（艦橋の音声入力装置から船の名を呼ぶ事が起動キーになっていた）となった彼らは、小型潜水艦シイラの乗員となり、
シイラの清水艦長、ケイの父でもあるブルーノアの土門艦長らの厳しい指導を受け、ドメニコ、飛鷹、カピラらの仲間達と共にゴドムと戦う。