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私の場合。移行するときは、基本的に全部持っていきます。
通常のバックアップは ATOK Sync 任せ。

ttp://faq.justsystem.co.jp/faq/1003/app/jsfaq.jsp?16125+0010
[ATOKの辞書や設定ファイルのバックアップ]
新マシンに旧マシンのディスク丸ごと分を突っ込み、必要に応じてファイルを
抜くというパターン。

ttp://faq.justsystem.co.jp/faq/1003/app/jsfaq.jsp?468+0010
ATOK Sync は「省入力候補」とか「設定内容」までは面倒見てくれません。