インターナショナルな言語環境を前提に文字をドローイングするソフトであれば、
多かれ少なかれ（Cocoaソフトでも）ヒラギノ系のベースライン位置問題は
噴出している問題だよ。（Firefoxなんかをご覧よ。）
ディセンダ領域をどのように描画or省略するかは、今のところアプリ側で個々に
最適化してるような状況。（だから、ブラウザなんかはこのあたりの互換性問題が
ある。）

これは、4Dだけを責めても無理な話。
むしろ、Appleの設計上の配慮不足を問うべき。