連　区
番　分
1　A　AXXXXXX
2　B　BXXXXXX
3　B　BXXXXXX
4　A　AXXXXXX

というデータにしてFileMakerにぶち込みます。
それとは別にA、Bのレイアウトを作ります。
スクリプトで、
　区分AのときはレイアウトAを適用する、BのときはBとする、
　連番をゲットしたファイル名で書き出します。
　あるいは（できるかどうかしらないけど）１のファイルに順に追加出力します。
追加ができないときは、Acrobatかなんかで連結します。

以上、ど素人ができるかどうかも解らず、イメージだけで言ってみました。
詳しい人を待ってください。なら言うなｺﾞﾒﾝﾅｻｲ