> 質問1. default.masterをカスタマイズするにはどうすれば良いのでしょうか？

Google で「SharePoint default.master」を検索すれば、microsoft.com にある日本語の解説ページが出てこない？

> 質問2. オブジェクトモデルのわかりやすい解説サイトや書籍などないでしょうか？こうなったら
> 　　　　 英文でもかまいません…。

日本語はまだ少ないけど、英語では一杯ある。