うちと挙動違うなぁ
※コピペしてCtrl + Shift +vでコンマ区切りでセルごとに貼り付けられると思う

1, ,
2,3,
で一行目をセル結合
　→オートフィルタで3が出てくる


2,3,
1, ,
で2行目をセル結合
　→2では1が出、3では空白


2,3,
1,1,
で2行目をセル結合
　A. 結合時に「非表示のセルの値を保持」にした場合
　→2も3でも1が出る
　　※どちらも、その下の列の1を拾っているだけで、共通のデータを拾っているわけではない
　　　片方を1出なく4にしたら、そちらで4が出るはず
　B. 結合時に「非表示のセルの値を破棄」した場合
　→2では1、3では空白


何にしろ、2つの列のデータを一まとまりとして扱えない、1つのセルに1つののデータという
データシートの基本的な仕様に基づくもので不思議なことではないんじゃないかな
別のアプローチが必要と思うけど、どうにかならないかって、どうなって欲しい？