>>932
オートフィルターに頼らない方が良い
あれは微妙に挙動がややこしい

Sub Macro1()
For i = Cells(Rows.Count, 7).End(xlUp).Row To 2 Step -1
If Cells(i, 7).Value = 1000 Then
Rows(i & ":" & i).Delete Shift:=xlUp
End If
Next
End Sub