基本的に64に同感で、もし卒業後にテクニカルドキュメントを書くことがない
ような業種に就職するのなら、そしてTeXがすぐに使える環境が学内にあれば
TeXの方が安上がりでいいと思う。CCL.NETからChemTeXをダウンロードして
美麗な化学式を作り上げることもできる。
http://server.ccl.net/cca/text-processing/tex/index.shtml

しかしこれから新たにTeXが使える環境を構築して、というのはお勧めしない。
LinuxなりFreeBSDなりを余剰PCにインストールし、日本語環境を整え、それから
pTeXを入れてdvi2psk入れて、プレビューにghostscript/gv/ghostviewなどを入れて
プリンタ解像度にあわせたCMフォントをmetafontから生成して、epsbox.styの
使い方を覚えて、なーんて環境を整えているうちに、あっという間に２ヶ月経過する。

だったらアカデミック版FrameMaker7.0買って「今すぐ」論文執筆にとりかかり、
卒業後は通常アップグレードでプライベートワープロとして使う、と言う方が
賢いと思うんだけどな。TeXの場合、初期は手段と目的が逆になりやすいよ。
習熟すれば生産性は高いんだけど、それまでがいろいろ大変。