>>29
ありがとうございます。
確かにおっしゃる通りですが、目的は

・PSP等で見るためにSD画質にエンコード(TXP4)
・BDAV形式でBDに保存する為、リップしたm2tsも保持する。
　※13話が1枚に収まるサイズ(HEで1話1GB前後)+エンコしたmp4ファイル全話

としてました。

DRのm2tsを保持するにはBDの容量が微妙ですし(2層だと高価)
HDD残容量も気になってしまうので、このように運用してきた次第です。
※PCでHD画質のAVC圧縮は設定も詰まっていませんし時間も掛かりますので避けてきました。

質問の内容についてはどちらかというとTXP4の問題のようですね。
CM(30秒ほど)をHE変換後リップした30MBのm2ts(BW770)がありますので、
これを元にペガシスに調査をお願いしてみるのも手かもしれませんね。

※CMもネット上にアップすると罰せられるのかな？