>>32
最早、スレチな話題になってきてるけど、
俺も試しにRAMから取り込んだのをTE4XPでエンコしてみた。
結果、ffdshowによるデコで見る限りだが問題なし。
(もう遅いかも知れないけど。)

OS:XPMCE
mp4コンテナ:標準出力・プロファイル:High・レベル:5.1
720×480(4:3)・29.97fps(プログレッシブ)
2パスVBR・ビットレートバッファ:自動・NTSC・シーンチェンジ検出:有り
エントロピー符号化モード:CABAC・サブピクセル動き検索モード:1/4単位

バージョン上がってAVCHDリーダーの読み込み能力は
改善されてる様子。
>>32氏の場合、コーデックが足りないというよりは、
むしろ他のコーデックと干渉して挙動がモッサリしてるのでは?
一度、環境設定→ファイル入力プラグインのDirectShowファイルリーダーや
VFAPIファイルリーダー等、不必要なモノを切ってエンコされてみては
どうだろうか?(自分もそうした。)