トリニティが死にます。
で、エージェントスミスがどんどん増殖してマトリクス本体が喰われそうになり、
それを倒すためにマトリクスとネオが手を組みます。
マトリクスとネオが協力してスミスを倒して、
ザイオンは存続し、マトリクスも存続し続けます。
結局、何も変わりませんでした。