この手の製品は個体差があるもんです。
ただプローブの個体差というよりモニター光との微妙な相性による差が
出ているのだとと思います。押し付ける気は全く無いですが、
趣味なら、自分なりの基準モニターを買って色あわせの基準にするしかないというのが
自分の今までの経験からくる結論ですね。

メーカーは基準光下でのプローブの相対分光レスポンスを測定して出荷していると思うのですが
モニター光が基準光と１：１のレスポンスがあれば、相性とか個体差が出ることはないのですが
そんなモニター光などないので、測定結果に、モニター光と基準光のズレを
乗算してキャリブレーション結果を出しているはず。

ただそのズレをドンピシャに判定する演算が難しいのでメーカーの人間が、
バックライト種類を想定しながらズレの範囲を仮定して演算させているだけと思います。
ズレが想定内なら問題はないが、そうでないバックライトが来たら NG というわけです。
しかも Mac のモニターは同機種でもメーカー数種あるはずで、
かつ同じメーカー内でも個体差で光が違うはずなので
数十個のモニターをロット違いで買って、光のばらつきを見ないと
演算係数を決められないので、BG−R対応だけで１年以上かかったのだと思います。
このあたり以下の EIZO のPDFが参考の一端になリます。
http://www.eizo.co.jp/products/tech/files/2010/WP10-012.pdf

これを疑問なく測定結果のみで解決しようとするならプローブとソフトを
各々100 万レベルの計200万近いマジ物にするしかないでしょうね。
残念なことに　i1 profiler は　まだ全然安物の部類なのです。