サブスタンスペインター使ったことないから比較できなくてすまんが
3d-coatはレイヤーが増えていくと「最初のデータ開く読み込みのとき」は遅くなる
たぶんPSDをそのまま内包してるからだと思う
それとブラシサイズを大きくして一気に広い面を塗ろうとすると重たく感じる
ただレイヤーを足すごとに作業中にどんどん重くなっていくってのは俺のPCでは感じたことはない