どっちでも好きにして

A　予め　「～が残ると困るフォルダ」　とは別の場所に作業フォルダを作り
　そこにファイルをコピーして一旦保存、コピー先のファイルで作業する

　コピー先のファイルを開きなおして作業すればバックアップファイルはそっちに作られるので
　元の場所はゴミまみれにならない
　上書き保存しちゃって良いとこまで作業出来たら
　ファイル　＞　名前を付けて保存　で、
　保存先を元のフォルダに移動して元々のファイルを指定して上書き保存
　その後ゴミまみれの作業フォルダごと削除

B　自動バックアップを無効にしてバックアップファイルを作らせない

　設定　＞　圭太の設定を変更
　kritaの設定　-　全般　-　「その他」のタブ
　　「自動保存間隔」　の右脇のチェックを外す
　　「バックアップファイルを作成する」　のチェックを外す