>>938
>透明部分が透けずに
質問の意図がOpenGL表示の事ではなく、
最終レンダリング(又はVPR)の事で質問されていいる。
と仮定してレスします。

まず、「透明」と言っても2つの意味があります。
・アルファ画像で”ポリゴン”を透過させる。
・アルファ画像で”画像””を透過させる。

ポリゴン透過であれば、
マテリアルの透明(Transparency)成分にグレイスケール(輝度)画像を適用します。
(アルファ画像をイメージエディタで複製し、アルファチャンネルを"アルファのみ"
に切り替えてマテリアルの透明成分に適用すればアルファ付き画像を用いてポリゴン透過は可能です)

一方、画像の透過であれば、
アルファ(RGBA)画像で画像透過が可能ですが、その際には
イメージエディタ>アルファチャンネルが有効でなければいけません。