上書き保存するリスクがあるから弄りたくなくなるわけで

まず「指定したファイル形式で出力」でPNG保存すれば
レイヤー統合と複製が一括で行える
あとはオリジナルファイルを閉じてこのPNGを開けば縮小でもjpg保存でも
何をしようと上書き保存ミスからは無縁