検索してみたら保存時にそのメッセージがでたファイルは、クリスタでも問題が発生するらしい
CS4の階層の限界が5だったのと関係あるのかもね
クリスタのサポートの解答も、Photoshop上で階層を5に減らしてから開いてください、って感じだったから
saiでもそんな感じなのでは