>>885
背景色を例えば水色とかに設定して（「指定色」「透明（指定色）」のどちらでもいい）、その水色と同じ色でレイヤー1に○を描く
そのあと「検出モード：色差が範囲内の部分 検出対象元：統合画像」で自動選択すると
○とそれ以外で区別される

レイヤー1を水色で塗りつぶして、その上にレイヤー2を作って○を描く
その後「「検出モード：色差が範囲内の部分 検出対象元：統合画像」で自動選択すると
全選択される（色差がないと判断される）

のように画面上全部同じ色で塗られてるように見えても、挙動が違うので、
あくまでも描いている間は表示上の問題じゃないかなと思った
ピクセルがあるのかないかというと、ない気がする
ピクセルがあるなら、前者と後者は同じ結果になるのではないかなと…
あと単純に、ユーザーに見えないところでピクセルが存在していると、その分重くなると思う

保存の時に背景色の設定に合わせて挙動を変えているんじゃないかな