例えば「肌」「影」「2影」レイヤーがあるとして
影は肌でクリッピングしたい、2影は影でクリッピングしたい、
でも普通にクリッピングチェックすると2影も肌基準のクリッピングになっちゃうってことなら

影と2影をフォルダーに入れる
2影を影でクリッピングする
フォルダーを肌でクリッピングする

の手順で出来るよ