>>133
ジオメトリが何の要素を指しているかわからないですがおそらく頂点(vertex)のことだとしたら
https://wiki.blender.org/index.php/Doc:JA/2.6/Manual/3D_interaction/Transform_Control/Snap
上記リンクのスナップモードを頂点(vertex)にして磁石マークをオンにするか
オフ状態でもCtrlを押しながら目的の頂点にマウスカーソルを近づければ同一座標にスナップします
ジオメトリが違う意味でしたらblenderで通常使われている名称でお願いします

>>134-135
>>146さんはhideにて解決されたようですがどちらのかたかわからないので一応書いておきます
>>139さんが書かれたHideが一番ポピュラーで早いと思いますが
メッシュが見えないのが不便ということならシェイプキーを使う方法があります
https://blender.stackexchange.com/questions/5533/
日本人作者さんの頂点ロックアドオンがあったんですが残念ながらネット上から姿を消してしまわれました
代替アドオンがあれば自分も教えてほしいです

>>136
一つのオブジェクトに統合する前提でいいんでしょうか
Arrayで並べてピッタリ頂点が合うパターンでマージできるものはマージして
内側の面は埋もれた面(interior face)で選択削除
頂点が合わないものは各種ブーリアンする方法のどれかでunionが一般的かと
面が平行に重複するようなものだとうまくブーリアンできないので
そういう場合は最初から元パーツを結合できる形に編集したほうが早いと思います