PhotoshopでアニメGifファイルを開き、それをPSD形式で保存してSAI2 Preview.2018.05.07で開くと、黒が青に変換されて表示されます
SAI1やクリスタやsusieのPDF用プラグインのaxpdf.spi 1.15などで同じPSDファイルの表示を試みましが正常に黒で表示されるのでSAI2に起因するような気がします
以前のバージョンをひとつだけ試しましたがSAI2 Preview.2017.12.17でも同じように青くなります
自作gif以外にもネットでいくつか任意に拾ってきたgifアニメでも試しましたが同じ様になります
Gifアニメであることは関係ないかもしれませんが、そのあたりは私はよくわからないので、以下が再現手順を書きます

1.Photoshopでgifアニメーションのファイルを開く
2.そのままPhotoshopでファイル＞保存でpsd形式で保存する
3.そのPSDファイルをSAI2で開く
4.黒が青に変換されている

Win7 64bit SAI2 Preview.2018.05.07