ウィンドウフォーカス制御に微妙な不具合があるように思います。

【SAI ver.】PaintTool SAI Ver.2 (64bit) Preview.2018.06.14 b
【OS】Windows 10 Pro（1803）
【再現手順】
・「新規キャンバス」を作成
・「新規フローティングビュー」を開く
・フローティングビューを適当に移動させる
・「キャンバスを開く」で適当なファイルを開く
・ウィンドウフォーカスが先ほどのフローティングビューに当たってしまう

本来開いたファイルがアクティブになっている筈が、別のウィンドウがアクティブになっているので、
知らずにキーボードショートカットやレイヤーパネル辺りをいじるとハマります。

何気によく当たるものの、いざ再現方法を書こうとすると起こらず悩みましたが、
どうやら一度ビューを移動させることと、「キャンバスを開く」の組み合わせが肝のようです。

また去年の2017.12.27版では起こらないように思います。2018.05.02から？