もしクリスタにペインターのような機能があったとしても、
下の色と実際に混色しちゃったら、色変えした時に混色した部分は混ざった色が変わって下の色と整合性取れなくなるから
色調補正前提でレイヤー分けするなら透明色との混色にするしかないぞ