うちの環境では、
コマフォルダ内のベクター/ビットマップレイヤーを参照対象に設定して
同一コマフォルダ内のビットマップレイヤーに塗りつぶしやブラシ描画する場合、

・塗りつぶし/閉領域フィル-複数参照:有効-参照レイヤー
・ペン/ブラシ-参照レイヤーの線からはみださない:有効
ともに問題なく機能しているが、バクがあるとしたらどういう状況なのだろう。