F8から返信来てた。
公式の見解を俺がまとめるとだな
まずボールジョイントをボーンに入れるとオイラー角のパラメータに数値が自動で入力される件について

これはルートパート直下に移動した時オイラー角が「0,0,0」となるように逆変換された数値をオイラー角に入力しているためだそうです。
不具合ではなく仕様であり
この仕様は過去バージョンのshade3Dの制作物との互換性を保つため保持されてきたものであり
どうかご承知くださいとのことでした。


次にボーンのベクトルの歪みについて
ジョイントの回転はローカル座標を基準としたものになるので、ボーンの階層構造が同じでも、変換マトリクスが異なっている場合挙動も変化するとのことでした。

同じ配置のボーンが異なる挙動をしないようにするためには変換マトリクスが大きく異ならないように制作する必要があり
ベースとなるボーンをあらかじめ用意し、これを根本から順に位置を揃えてメッシュと連動させるのが良いとのことでした。

しかしながら現状のshade3Dではこの方法でも作成しづらいのも事実であり
他にも変換マトリクスに影響されないようにするために、ボーン作成のツールパラメータの「自動で軸合わせ」チェックボタンをOffにして作成するとゆう方法もあるわけですが

こちらの方法も図形ウィンドウ上でのボーンの表示に問題を抱えているとのことでした。

これらを踏まえ、ボーンの作成、利用機能については今後のバージョンで改善を図っていきますと、F8さんからご回答を頂きました。

尚、今回八つ当たりに近い形で問い合わせたにも関わらず最後までご丁寧に回答してくれたF8さんにこの場でもお礼を申し上げたいと思います。
本当にありがとうございました。

めちゃくちゃ丁寧だったよF8窓口