どうですか？
単語テーブルとWEBサイト情報テーブルから、単語とWEBサイトの対テーブルで
単語IDとWEBサイトIDを関連付けるのが自力だと、とても大変だというのは明白だと思います。
WEBサイト、例えば、オムライス(ブーン系小説まとめサイト)を単語とWEBサイトの対テーブルに登録していこうと思うと、

まず、このサイトに関連する単語として、
・小説、ブーン、内藤ホライゾン、2ch、等(トップページを形態素解析した名詞等)、を単語テーブルにまず登録します。
WEBサイトの情報,URL,タイトル,パス等をWEBサイト情報テーブルに登録します。

そして、単語から任意のWEBサイトを検索するためのテーブルとして、単語とWEBサイトの対テーブルのレコードを登録していき
単語を主キーにします。
ですが、一つのサイトに対して何十個もの単語IDとWEBサイトIDを関連付けていくのは自力じゃ無理があると思うんです。

改良余地に対して、助言が頂きたいのです