flockでファイルロックは行っています。
壊れるというのは、ファイルが飛んでサイズが減るわけではなく
サイズはそのままで全てのデータが読み込み出来なくなります。
ぷららのサーバで同じように試してみるとどんどんファイルサイズに差が出てきます。
直ぐに200KBと5MBくらいに差がでました。
1度テキストに変換して全て書き直すとサイズは200KBまで落ちたので異常に肥大化されているような気がします。

QDBMはインストールはしましたが書き込めても読み込めなく、原因が分からなかったので諦めました。