MySQL4.0以前：保守のため使う必要あり。新規なら他を使うべし
MySQL4.1以後：積極的に使う必要なし
MySQL5.0以後：話にならない。おもちゃ以下

PostgreSQL8.0以前：できるなら8.0以上に上げる
PostgreSQL8.0以後：8.1が望ましい。業務にも使用可能

番外
Oracle：業務ならこれしか選択肢なし。今のとこ英語だが10.2gのフリー版もある
sqlite：小規模ならこれでOK。ただし2系、3系、3.3系とわけわかめ
BerkeleyDB：さらに小規模用。CSVファイルの代わりに使うくらい



俺の認識じゃぁこんなかんじ。うそも混じってるので注意