>>646
自己解決しました。

ATTACHの速度が対象ＤＢのtable数にかなり依存するため、
ATTACHするとその場でsqlite_masterの合成をするのだと推定しました。
従って、ATTACH順を変更することにより改善できます。
今回は3つのDBを同時に扱うため、3C3の6通りでしかなく、速いのを選ぶことにしました。

なお、この実装がよいのかは若干疑問です。
通常はATTACH対象をさほどゴリゴリやらないので、
合成ではなく直列(カスケード）にして、その都度順に引いた方が速いと思われます。
或いは、合成/直列を選択するpragmaがあればよいのですが、これもないようです。
これらの問題のため、最新版等では改善している可能性もあります。（試せていません）

何か対応しようとしてくださった方が居ましたら、ありがとうございました。