処理が必ず1000番台ごとにするなら
もう一つ項目daiを追加して、indexを張っておき
id 1000〜1999 には 1 をセット
id 2000〜2999 には 2 をセット
id 3000〜3999 には 3 をセット
というのは？
select * from 名簿 where dai=1 order by id limit 100;