システム部門がユーザーの場合は全然話が違うでしょ

やり方はいろいろ有るけど単純なのはファイル連携で定期スケジューリングしたバッチジョブ流すだけ
エラー時は入力データを用意した関係者にエラー内容を通知するようジョブを組んでおけば十分なので
ユーザーインターフェースを用意しなきゃいけないような話ではない

自分たちが管理してないDBを直接SQLで更新したいってのも論外だし
事業部のシステム部門があるような大企業でマスタの更新バッチすら作らないような本社システム部門はかなりヤバい