>>420
CONFIGの変更内容とか同期処理の詳細など必要な情報が書かれていないのでエスパーだが
Wi-Fi/WebDAV側から何らかのデータをFlashAirへ書き込んでいて(ファイルの削除なども含む)デジカメ側はそれを認識していないため
変な動作をしているように見える
デフォルトだとそのような操作を行えないようになっているはずだがCONFIGにWEBDAV=2＆UPLOAD=1を記述すると可能になる

この推測が正しいと仮定した場合の解決案
１．同期する時に書き込む操作を行わないようにする(単に吸い上げたいだけならWEBDAV=1＆UPLOAD=0の読み込み専用モードで出来るはず)
２．どうしてもPCからファイルの操作を行いたい場合はデジカメがSDカードへアクセスしていないタイミングを見計らい
　　操作後に必ずデジカメを再起動する(撮影直後や再生中などはリスクが高いので避けるべき)