代表でシステムとフォーメーションの変更は簡単ではないと思いますが、できないことはないでしょう。
実際にハリルホジッチはアルジェリア代表監督時のW杯では複数のシステムを使用しています。

ベルギー戦：4-3-3
韓国戦:5-4-1
ロシア戦：4-2-3-1
ドイツ戦：5-1-3-1

2010年の岡田ジャパンも、それまで苦戦していたやり方を本番直前に一変させ、短期間で使えるまでにして、ベスト16入りしています。
ある程度時間が残されているハリルジャパンは尚更可能かと思います。