ドイツ戦に関してはシステムのミスマッチという本田の解説通りでしょ

相手が3バックになってもズーレに久保がプレスに行く形になって
久保が行くと、ミュラーが久保のいたスペースでボールを受けようと下がってくる
誰かがミュラーに行かなきゃで田中が行った
システムがかみ合わないことで次々にスペースが空く後手後手の守備になっていた

だから後半に冨安を入れて3バックにしたのは、ここの対策

久保、田中、長友の位置に誰が出ていても前半は駄目だったはず