数日ぶりになりますが、>>695以来放置して、先ほど再度AアカウントからPOP3でBアカウントを追加しようとしましたが、出来ませんでした。
Bアカウントの方に直接のログインは相変わらず出来ます。
>>692で放置中にログイン試行をブロックしました、というメールが来た、と書きましたが、どうも私の勘違いの様で、アクセス元（POPサーバーの場所？）がアメリカということで、アメリカ標準時での時間の表記となっていたため、放置中だと勘違いしていたようです。
今回、数日放置していましたが、その間同様のメールは来ておらず、POP3でのアカウント追加に失敗したタイミングで同様のメールを受信していました。
やはりどうも「AアカウントからPOP3受信する」ということに限ってブロックされている様です…。
LINEは前に危険との指摘を受けて以来、PCからはアンインストールしているのでこの件に関しては関係無いようです。

BアカウントはGoogle Appsを使用した大学のメールアドレスになっていて、調べたところ管理者がPOPを無効にすることが可能な様でその可能性も考えましたが、
どうやら管理者がPOPを無効に設定するとユーザー側からはPOPとIMAP設定にアクセスすることが出来なくなるということなので、BアカウントでPOPとIMAP設定にアクセス出来ている現状でPOP自体は有効になっていると考えられます。
https://support.google.com/a/answer/105694?hl=ja

これまでに挙げられた原因と思われるものにはあらかた試したと思うのですが、どれも解決には繋がらず完全にお手上げ状態です。
他に何か考えられるでしょうか…。